Saksamaa Nõukogude Liidu vastase sõja plaani, Barbarossa plaani järgi oli Leedu, Läti Eesti vallutamine Ida-Preisimaalt pealetungi alustava väegrupi Nord kõrvalülesanne. Väegrupi peaülesanne oli Leningradi vallutamine. Saksa kõrgem väejuhatus hindas Eesti, Läti ja Leedu elanikke üldiselt enamlastevaenulikuks. Väejuhatuse arvates ootasid eestlased, lätlased ja leedulased, et Saksa väed vabastavad nad bolševike võimust. Teisalt ei peetud Balti rahvaid, ennekõike lätlasi, ka saksasõbralikeks, kuid siiski eeldati nende koostööd Wehrmachtiga.
Balti riikide vallutamine oli 18. armee ülesanne. Armee pealetungi üldsuund oli Pihkva, et ära lõigata Punaarmee üksused Eestis, Lätis ja Leedus, takistada nende taandumist itta lõuna poolt Pihkva järve ja hävitada nad Eestis.
Saksa laevastiku tegevust Läänemerel kammitses vajadus võidelda Briti laevastiku vastu, sest 1940. aasta õhurünnakutega ei suudetud britte alistuma sundida. Saksa laevastiku tegevuse eelduseks Läänemere põhjaosas oli Balti laevastiku tugipunktide, esmajoones Liepāja ja Riia sadama vallutamine maa poolt. See oli vajalik ka väegrupi Nord pealetungioperatsioonide meritsi varustamiseks. Balti riikide teed olid viletsad ja neid oli vähe ning raudtee Vene rööpmelaius aeglustas raudteevedusid Saksamaalt ja okupeeritud Poolast.
Maaoperatsioonide toetamist merejõududega plaaniti Lääne-Eesti saarte vallutamisel, kuid ainult väiksemate laevadega. Siiski toetasid saarte vallutamist 1941. aasta sügisel ka ristlejad Emden, Leipzig ja Köln. Meresõjas tegi Saksa Kriegsmarine koostööd Soome laevastikuga. Alates sõja esimesest päevast paigutati miinitõkked „Corbetha“ Tallinnast loodes, „Apolda“ Hiiumaast põhjas, „Gotha“ Vormsist loodes, „Coburg“ Saaremaast loodes ning „Eisenach“ ja „Erfurt“ Sõrve poolsaarest edelas. Koostöös soomlastega rajati suur miiniväli Juminda neeme lähedal, millel 1941. aasta augusti lõpus hukkus kümneid Tallinnast evakueeruvaid Nõukogude laevu. Lääne-Eesti saarte vallutamise eel septembris tegid Saksa ja Soome laevad mitu pettemanöövrit, et varjata tegelikku rünnakut saartele mandrilt. Soomlaste lipulaev, rannakaitse soomuslaev Ilmarinen sõitis miinile ja uppus koos 271 mereväelasega.
21. juulil, kui pealetung Lenigradile ja Eesti vallutamine olid venima jäänud, väisas Adolf Hitler väegrupi Nord peakorterit. Ta rõhutas Eesti ja Leningradi kiire vallutamise strateegilist tähtsust. Soome lahe üle tuli saavutada täielik kontroll ja elimineerida Balti laevastik, et tagada Rootsi rauamaagi häireteta vedu Saksamaale. Leningradi ja Kroonlinna sakslased aga vallutada ei suutnudki ning Balti laevastik varjus seal kuni 1944. aastani, kui taas Läänemerele väljus.
Väegrupp Nord tegi Eesti vallutamise ülesandeks 18. armee XXVI armeekorpusele, mille toetuseks anti raskesuurtükiväe-, pioneeri-, õhutõrje-, rekke- jm üksusi. Korpusele allusid 61. ja 217. jalaväediviis. Korpus pidi kiire edasitungiga vallutama Paldiski ja Tallinna ning ära lõikama Punaarmee jõud Lääne-Eestis ja saartel. Seda ülesannet korpus täita ei suutnud. Üks põhjusi oli Punaarmee visa vastupanu nii Leningradi suunal kui ka Kesk-Eestis pärast rindejoone stabiliseerimist. Punaarmee ja Balti laevastiku õhujõududel oli Eestis õhuülemvõim. Väegrupi Nord operatsioone toetavad õhujõud olid seotud Leningradi suunal, sest seal edasi tungivad 4. tankiarmee soomusüksused ilma õhutoetuseta toime ei tulnud. Eestit vallutama saadetud diviisid ei olnud just eliitdiviisid ning olid pealegi Leedu ja Läti lahingutest väsinud ja kaotusi kandnud.
Juuli lõpus toodi Eestisse veel teine väejuhatus, XXXXII armeekorpus, mille peakorter paigutati algul Otepääle, ning järk-järgult veel kolm jalaväediviisi. 291. jalaväediviis oli 18. armee peakorteri otsealluvuses liikunud piki Läänemere rannikut ja vallutanud muu hulgas Liepāja mereväebaasi. Juuli keskel toodi ta Pärnusse. Armee reservist suunati juuli teisel poolel Tartusse Burdachi lahingugrupi asemele 93. jalaväediviis. Kolmas diviis oli 254. jalaväediviis, mille pidi loovutama Peipsi idakaldal põhja poole tungiv XXXVIII armeekorpus. Diviis saadeti Viljandimaale. Osaliselt teenis see otsus Leningradi ründamise eesmärki, sest Peipsi idakalda väheste teede kehva seisukorra tõttu oli kiire edasiliikumine seal võimatu.
Lisaks saadeti Eestisse või komplekteeriti siin mõned ajutised brigaadimõõtu motoriseeritud üksused. Tähtsaim neist oli suurtükiväeülema nr. 123 kin-ltn Karl Burdachi juhitud lahingugrupp, mille formeeris Pihkva-Petseri piirkonnas tegutsenud I armeekorpus ja mis hoidis Emajõe rinnet 11.–25. juulil. Lääne-Eesti vallutas ja Tallinna vallutamisel osales suurtükiväeülema nr. 114 kin-mjr Rudolf Friedrichi lahingugrupp. Lähemalt loe
siit.
Wehrmacht oli ette näinud ka sõjaväelise tagalahalduse. Umbes 20–50 km rindejoonest tagapool oli diviisiülema staatuses armee tagalaülema vastutusala, sealt edasi kuni tsiviilokupatsioonivalitsuse alla antud territooriumi piirini aga korpusejuhataja staatuses armee tagalajuhataja vastutusala. 1941. aastal paigutati Võrru ja Väimela mõisa (väegrupi Nord) tagalajuhataja nr. 101 peakorter, mis jäi sinna 1944. aastani. Samal ajal toodi Tartusse 207. julgestusdiviisi staap. Viimasele allutatud tugevdatud 374. jalaväerügement vastutas Eesti lahingute ajal tagala puhastamise eest alates Mustveest ja Jõgevalt kuni Tallinnani.
